本发明公开了一种地下水资源在线监测系统及方法，所述地下水资源在线监测系统包括水样保护盒、承重基座、电葫芦和控制器，水样保护盒沿竖向设置有多个，水样保护盒的内腔设置有取样杯，水样保护盒的底部固连有螺套，相邻两个水样保护盒之间连接有拼接螺杆，拼接螺杆的顶端螺纹连接在螺套的底部，螺套的内腔中设置有取样杯限位组件，取样杯的顶部连接有控水组件，承重基座连接有监测组件，承重基座的前侧和后侧连接有夹持组件。该地下水资源在线监测系统及方法可根据下放深度及监测样本数量对拼接螺杆和水样保护盒的数量进行增减，可对地下水资源进行取样和在线监测，实现对地下水资源的监测，监测深度可调，可同时进行不同深度水资源的取样。