本发明公开了一种基于虫草米基以及食用菌菌糠的土壤改良剂、制备方法及应用，该土壤改良剂将虫草米基作为土壤改良用原料，并将其与食用菌菌糠以及玉米秸秆进行伍配，使其既具有稀疏透气的物理结构，同时又富含多种成分，尤其虫草米基的使用，不仅可以促生长，提高植物的抗逆性，而且虫草米基中的虫草素可以抑制土传病害，预防虫害，达到抗病防虫的目的。该土壤改良剂主要通过发酵的方式制备获得，所述土壤改良剂，不仅制备简单、易于操作，而且将以往废弃的食用菌菌糠和虫草米基，变废为宝，实现资源再利用，制得的土壤改良剂具有改善土壤结构，增强土壤肥力等优点；该土壤改良剂对于改善多年的蔬菜保护地土壤性质，提升健康质量具有应用价值。