本发明涉及一种热史模拟拟合优度的数据差异处理方法、系统及设备，该方法包括获取待模拟地质在垂直剖面上M组热史曲线集合；对每组热史曲线集合进行模拟年龄计算，得到M个模拟年龄；对每个模拟年龄进行倍差拟合处理，得到对应的拟合优度；将每个拟合优度与拟合优度阈值比较，筛选得到K个拟合优度，即是得到K组热史曲线集合。该方法通过待模拟地质在垂直剖面上M组热史曲线集合，对每组热史曲线集合计算其拟合优度，对计算的拟合优度采用倍差拟合处理得到拟合优度，采用拟合优度阈值进行筛选，得到筛选后的热史曲线集合，通过筛选后得到热史曲线集合对待模拟地质在垂直剖面上进行热史模拟，得到其热史模拟结果准确率高。