本发明提供一种糠醛生产废水的的絮凝生物处理方法和系统。本发明主要采用中和絮凝结合微生物处理的方式；通过石灰浆液的中和作用调节糠醛生产废水的酸性，且通过絮凝剂使废水中的部分有机污染物形成絮凝物，为微生物处理建立良好的环境，并且通过空气搅拌促进絮凝物避免沉积堵塞；先后利用厌氧型和好氧型微生物对水体中的有机物进一步分解去除；通过微生物介质循环模式保障微生物的活性，维护和提升水处理能力；构建了空间紧凑的絮凝生物处理系统的布局结构。