本发明属于基础领域，提供了一种基于比较理论确定铁路沉降的方法及系统。该方法包括，在基坑两侧边线垂直于铁路的交点处的铁轨部位，布设至少四个沉降监测点；测量并计算基坑开挖降水期间每个沉降监测点的沉降量；沿铁路自基坑开挖边线向两侧各第一设定距离范围外每间隔第二设定距离对称布设一对参考沉降监测点；测量并计算基坑开挖降水期间每个参考沉降监测点的沉降量，并计算每侧所有参考沉降监测点的平均沉降量；根据每侧所有参考沉降监测点的平均沉降量，得到路基由于自身原因产生的沉降量；基于每个沉降监测点的沉降量，结合路基由于自身原因产生的沉降量，得到铁路由于基坑开挖降水在每个沉降监测点产生的沉降量。