本申请提供一种医学图像配准方法、装置、终端及计算机可读存储介质，该方法包括：获取患者的实时透视影像以及第一轮廓图形；基于患者的第一预设标志物和第二预设标志物，从磁共振胰胆管成像图像集中确定符合预设要求的第一磁共振胰胆管成像图像，以及与第一磁共振胰胆管成像图像中第一预设标志物对应的第二轮廓图形；基于第一图形特征参数和第二图形特征参数，确定旋转角度参数；基于第三图形特征参数和第四图形特征参数，确定缩放比例参数；基于旋转角度参数和缩放比例参数，对第一磁共振胰胆管成像图像进行调整；将调整后的磁共振胰胆管成像图像与实时透视影像进行图像配准。本申请实施例提高了医学图像配准的准确度，提高了手术的成功率。