本发明公开了甘薯叶片发育及类黄酮强化相关蛋白IbBBX29及其编码基因与应用。本发明具体地公开了氨基酸序列是SEQ ID No.1的蛋白质、编码基因、相关生物材料，及其在调控植物叶片发育和/或叶片中类黄酮含量中的应用。本发明通过将IbBBX29基因导入野生型甘薯中，得到过表达IbBBX29基因的转基因甘薯植株，同时构建了IbBBX29基因敲除植株。与野生型植株相比，过表达植株的地上部、叶、茎鲜重均显著提高，叶片中类黄酮含量也明显增加。实验表明，IbBBX29基因在调控甘薯叶片发育和类黄酮合成中发挥了关键作用，为甘薯叶片发育和/或叶片中类黄酮含量调控的遗传改良提供了重要的功能基因和育种材料。