本发明提供了特大跨度超浅埋高铁隧道穿越水塘洞段施工方法，属于地下工程技术领域，包括以下步骤，S1、确定隧道围岩分级，通过计算判定隧道是否属于超浅埋隧道；S2、设置一排中管棚，整根跨越洞顶水面宽度，以确保管棚上方围岩整体稳定，不受爆破振动影响，保证隧道开挖爆破期间水塘段洞顶围岩的整体稳定；S3、采用超前小导管进行超前支护，以确保每循环中管棚下方的局部围岩稳定；S4、确定爆破方案，采用减振爆破技术，对周边孔进行加密，在两孔间增加一个不装药的空孔；S5、进行单循环进尺爆破试验，最终确定单循环进尺。本发明采用中管棚结合超前小导管，同时辅以减振爆破的施工方法，有效保证洞顶安全稳定。