本发明公开了一种疏水改性分子筛及其制备方法和应用，该方法包括：(1)将分子筛进行活化处理，以便得到活化后的分子筛；(2)将有机溶剂与硅烷试剂混合进行第一搅拌，以便得到分散液；(3)将活化后的分子筛与分散液混合进行第二搅拌，以便得到硅烷化的分子筛；(4)将硅烷化的分子筛进行冷却、洗涤和烘干，以便得到疏水改性分子筛。由此，该制备方法简单方便，对设备要求极低，缩短了制备时间，进而制备得到的疏水改性分子筛具有良好的疏水性能，可广泛应用于从相对湿度高的环境中吸附分离废气，而且由于改性后的分子筛的孔道结构并没有太大变化，仍然保持了其良好的孔道性质，因此也可进一步应用于制备微孔疏水沸石材料。