本发明属于细胞工程技术领域，特别涉及一种用于分离牛肌肉干细胞的肌肉组织的提取方法及其应用。所述方法包括：(1)用酒精擦拭牛皮肤表面后采集牛背最长肌肌肉组织，立即用磷酸盐缓冲液漂洗；(2)然后将表面筋膜、白膜剔除干净；(3)先使用三蒸水中漂洗，再依次使用磷酸盐缓冲液、酒精、磷酸盐缓冲液漂洗。该提取方法不同于以往单一使用磷酸盐缓冲液进行处理，本发明三种洗涤液联合处理，降低了成本。然后将提取的肌肉组织分离肌肉干细胞用于构建超级增强子，在染色体免疫共沉淀高通量数据基础分析上，使用H3K4me1、H3K27ac双标记方法，优化形成用于牛肌肉超级增强子分析的方法，不同于现有技术的单一标记。