本发明公开了一种用于结直肠癌检测的标记物组合物及其应用，属于生物检测技术领域。该标记物组合物是通过与结直肠癌诊断相关的三种蛋白标记物与血浆游离DNA甲基化生物标记物组合,能够使用离体血液样本区分良性肠道息肉与恶性结直肠癌肿瘤。鉴于离体血液样本的无创性以及便利性，适于大规模推广应用。检测血液中结直肠癌相关的特异的甲基化位点，并结合蛋白肿瘤标志物检测结果，极大提高了结直肠癌检测的灵敏度和特异性，从而实现结直肠癌的早筛早诊。通过直接对比良性息肉和结直肠癌患者的离体血液样本筛找出的cfDNA甲基化标记物能够在检测结直肠癌的同时区分息肉的良恶性，能够很大程度上避免结直肠癌筛查过程中的过度诊疗问题。