本发明公开了一种生物菌种的分装设备，具体涉及分装设备技术领域，包括机架、传动组件，机架的上方设置有倾斜的分装组件，分装组件下端的一侧设置有可转动的载物盘，分装组件包括与机架固定安装的筒架以及驱动部件，筒架的内部活动套设有内筒，筒架的一侧转动连接有主轴，驱动部件通过主轴带动内筒依次向右上方移动、正转、向左下方移动、反转，内筒正转时可通过传动组件带动载物盘转动；筒架靠近载物盘一端的下侧开设有外出料口。本发明通过分装组件、载物盘、传动组件和进液组件的设置，不仅实现了对生物菌种的自动间歇进给，防腐剂的自动进给，而且还能实现生物菌种与防腐剂的自动混合，还能够带动载物盘实现自动切换分装瓶进行分装的目的。