本发明公开了一种生物菌种保存设备，具体涉及生物菌种保存技术领域，包括机架和驱动组件，机架的上方设置有用于将两种菌种间歇送料的送料组件，送料组件的下方设置有输送组件，输送组件的下方设置有推料组件，推料组件的下方设置有齿轮盘，齿轮盘的上方放置有载物盘，载物盘的圆周方向具有多个置物槽，推料组件将菌种推入置物槽的内部，驱动组件可带动齿轮盘转动。本发明通过送料组件、输送组件和推料组件的设置，不仅实现了两类菌种的间歇送料，而且实现了两类菌种的间隔保存，通过设置弹性垫，再利用推料组件推入使弹性垫将菌种固定，使移动过程中不会发生晃动，并且方便生产过程中的使用。