本实用新型涉及生物科技技术领域，且公开了一种菌种保存箱，包括保存箱，所述保存箱的外表面固定安装有保温层，所述保存箱的顶部固定安装有制冷器，所述保存箱内顶壁开设有通风孔，所述保存箱的内腔左右两侧壁均固定安装有数量为两个的安装块。该菌种保存箱，通过在安装块的相对一侧均设置有滑槽，使得置物板能够通过第一滑轮在滑槽内部滑动而抽出，通过将安装块、滑槽和置物板共同组成的置物结构设置有三组，方便了调整保存箱内部的空间大小，使得保存箱的内部可以存放不同类型大小的菌种，通过设置有制冷器，方便了通过通风孔将冷气排放至保存箱的内部，通过设置有保温层，保证了保存箱内部的冷空气不被流出，达到很好的保温效果。