本实用新型提供一种微生物菌种恒温保存装置，属于菌种存放设备技术领域，该微生物菌种恒温保存装置包括箱体，所述箱体内底壁的中部通过轴承固定连接有转轴，所述转轴的外表面固定连接有放置盘，所述放置盘的上表面开设有放置槽，所述放置槽的内部设置有放置器皿，所述箱体的内壁固定连接有手套，所述箱体的一侧固定连接有手套外接端，所述箱体的背面固定连接有取放盒，所述取放盒的正面通过合页固定连接有取放门，所述箱体背板的内壁固定连接有门框，所述门框的内部活动连接有推拉门。该微生物菌种恒温保存装置在拿取部分菌种时，不会破坏恒温保存装置内的环境，不会影响到其它菌种的保存，放置菌种方便、省力。