本实用新型公开了一种微生物菌种恒温保存装置，包括恒温保存箱箱体，所述恒温保存箱箱体为顶端开口的空腔结构，所述恒温保存箱箱体内设有底板，所述底板的顶端两侧对称设有侧板，且所述侧板与底板固定连接，两个所述侧板之间设有若干载物板，所述载物板的顶端开设有若干通气孔，且所述载物板的两端分别与两个侧板活动连接。本实用新型所述的一种微生物菌种恒温保存装置，可以在载物板的前后方向上存取含有菌种的器皿，改变了只能从正面存取器皿的存取方式，提高了实用性，当把载物板抽出恒温保存箱箱体时，可以对侧板的位置进行固定，不需要一只手始终提着箱门，进一步的提高了便利性，减少恒温保存箱箱体内各个位置的温度差异。