本申请公开了一种敏感数据标识处理方法和系统，该方法包括：获取敏感数据发现程序从数据库中根据预定条件发现的敏感数据，其中，所述预定条件为预先配置的；至少根据所述敏感数据生成所述敏感数据对应的版本号；为所述敏感数据增加所述版本号；将增加了所述版本号的敏感数据发送给预定程序，其中，所述预定程序为对所述敏感数据进行使用或者处理的程序。通过本申请解决了现有技术中无法区分敏感数据来源是否一致所导致的问题，从而能够对不同批次的敏感数据进行标识，有利于程序或者应用对敏感数据进行相应的处理。