本发明公开了一种组装延长性染色体的方法及装置。其中，该方法包括：S1，使用hifi数据对基因组组装挂载，根据hifi数据的深度在未挂载区域对潜在的性染色体片段根据深度进行鉴定，其中，性染色体为y染色体或w染色体；S2，使用超长数据对单独的潜在性染色体片段连长，得到性染色体片段，超长数据为N50长度到达50Kb以上的数据。与现有的组装技术相比，本发明在现有组装技术的水平上，单独对性染色体（y染色体或w染色体）根据reads深度做了鉴定，同时将鉴定出的潜在性染色体（y染色体或w染色体）进行连长和补洞，使性染色体（y染色体或w染色体）片段的连续性和完整性更高。