本发明提供一种地理空间信息脱敏加密方法及系统，方法包括：按照时空属性、权属属性和地类属性对地理空间信息数据进行统计分类；分别基于时空坐标转换法对时空属性数据、基于纵向权属特征交换重组法对权属属性数据以及基于地类特征归一化处理方法对地类属性数据进行脱敏加密；对脱敏加密后的地理空间数据进行数据重组，构成地理统计数据；对地理统计数据与所述地理空间信息数据进行数据校验。本发明分别通过时空坐标转换法、纵向权属特征交换重组法和地类特征归一化处理方法对时空属性数据、权重属性数据和地类属性数据进行脱敏加密，提高了数据脱敏加密的速度以及满足数据加密的可靠性。