本发明涉及一种病原微生物宏基因组生信分析参考品及其制备方法和应用，属于基因检测技术领域。该方法包括以下步骤：建立丰度分布模型：收集临床样本的宏基因组检测数据，建立自变量为测序序列数目因变量为相对丰度的高斯回归模型；标准化高通量测序数据生成：获取参考基因组序列，模拟生成每种微生物物种预定读长和预定测序错误率的高通量序列数据；Gamma‑泊松分布模型：以Gamma‑泊松分布模型拟合临床样本的宏基因组检测数据；参考品制备：以Gamma‑泊松分布模型随机产生一组模拟样本序列数据，并从标准化高通量测序数据中随机挑选相同数目的测序数据，即得。采用该方法得到的生信分析参考品，可全面地评估生物信息分析流程的灵敏度、特异度、召回率和准确性。