本发明公开了一种基于参考基因组的转录本组装方法，属于生物信息学中的转录本组装领域，具体步骤为：(一)利用至少两个比对工具对下机得到的原始测序数据进行分析；(二)针对每一个比对工具的回帖结果构建剪接图；(三)合并每个比对工具的剪接图，生成标签剪接图；(四)提取标签图中标记的双端子路；(五)在标签剪接图中寻找路的覆盖，最终获得代表转录本的路覆盖，其中所有的双端路径都被完成组装的转录本覆盖。本发明的方法合并了不同比对工具的回帖结果，并以不同比对工具的回帖结果为基础构建了标签剪接图，通过动态路径扩展算法遍历图，从而找出表示转录本的路径，考虑了不同比对工具的特点和优势，提高重构出的转录本的准确率。