本发明提供一种对组装的基因组进行优化的方法，所述方法包括以下步骤：对样本进行测序得到测序序列集；对测序序列集通过两种或两种以上的方式进行组装得到两种或两种以上的初始基因组，并且获得每种初始基因组对应的第一特征和第二特征；遍历每种初始基因组的第一特征，将第一特征占优势的初始基因组作为基础基因组；当除作为基础基因组之外的任一其余初始基因组的第二特征相对于基础基因组的第二特征占优势时，使用所述其余初始基因组的优势区域替换基础基因组的对应区域，以得到优化的基因组。本发明的方法可以使用高完整性的组装序列来纠正低完整性的组装序列，从而获得一个高连续度，高完整度的基因组版本。