本发明公开了一种水源地取水口附近水域的水质预警方法，通过结合各项因素对水源地水质的影响，按等距选取时间，得到不同的监测点和检测时间；采取关联方法输入对应时间和空间上水质监测点水质各指标的数据，形成水质监测点水质信息数据库并实时进行更新；根据数据库中数据建立高斯过程回归模型用来对监测点各项水质指标的历史测量值进行数据分析，同时用主成分分析法建立一项综合指标来预警以监测点为中心的一定区域内近期的水质，并且在空间上采用克里金法对预测区域进行预测值计算；当水质各项指标在正常范围内且与阈值存在一定差距时则不发出预警，或当存在基础指标超出阈值或有多项基础指标临近阈值时都会使综合指标超出阈值并发出预警。