本发明涉及一种基于卸气柱控制的高效加氢系统及方法，系统中：第一气源与主卸气柱连接，第二气源与备卸气柱连接，主卸气柱、备卸气柱均通过并联的旁通加氢管道、压缩加氢管道与加氢机连接，旁通加氢管道上设有旁通管道气动阀，压缩加氢管道上设有相连的压缩管道气动阀、压缩机；加氢机包括气瓶压力传感器，主卸气柱包括连接的第一气源压力传感器、第一氢气出口气动阀、第一控制模块，备卸气柱包括连接的第二气源压力传感器、第二氢气出口气动阀、第二控制模块；第一控制模块、第二控制模块还均分别与气瓶压力传感器、旁通管道气动阀、压缩管道气动阀、压缩机连接，第一控制模块与第二控制模块连接。本发明通过卸气柱控制以进行更灵活高效的加注。