本发明公开了一种适用于加氢站系统的多线进气加氢控制方法及装置，该方法包括确定各氢气储罐的剩余氢气总量，当剩余氢气总量低于预设氢气总量时，逐级向各氢气储罐充装；当检测到目标车辆时，控制氢气压缩机停止向各氢气储罐充装，并控制第一氢气储罐向目标车辆加注氢气；每经过预设时间周期，基于各氢气储罐的当前储罐压力、气瓶当前温度、气瓶当前压力、加氢机当前加注温度和加氢机当前加注压力分别计算各氢气储罐对应的最大压力上升率，并比对第一氢气储罐对应的第一最大压力上升率与其余各氢气储罐对应的各最大压力上升率。本发明利用算法自动选择最合适的气源实现最高的系统整体加注速率，从根本上提高了多线进气加氢系统氢气加注效率。