本发明公开了一种基于数字孪生的工程变形监测网优化设计系统的运行方法。它包括如下步骤，步骤一：创建数字孪生工程区域地形几何模型；步骤二：变形监测网网点选点；步骤三：生成任意两点间的断面图，自动判断两点间的通视情况，选择两两通视的监测网点，自动生成变形监测网雏型；系统能智能分析网点分布、通视等网型问题；步骤四：利用变形监测网雏型自动生成变形监测网的观测值；步骤五：自动计算变形监测网雏型的精度和灵敏度指标；步骤六：依据规范指标智能判别变形监测网雏型的精度和灵敏度指标是否满足要求；步骤七：自动生成变形监测网优化设计报告。本发明具有大大减少外业选点工作量，提高工作效率的优点。