本发明涉及一种利用残次果制备反刍发酵饲料的方法及应用，包括以下步骤：收集残次果，破碎挤压后固液分离；制备发酵用菌种；将混合后的物料通过打包机装入单向阀呼吸袋中，转入培养间，在25‑28℃下发酵3‑5天，即可获得利用残次果制备的反刍发酵饲料。本发明将残次果进行压榨，分离果渣与果汁，能够有效降低果渣中的水分，也间接降低了果渣中的糖分，能增加微生物对糖分的利用率；发酵菌种采用两种霉菌及两种酵母菌的复配，能够有效利用果渣中残留糖分，分解原料的大分子物质，提高原料的消化利用率。本发明制备的发酵饲料对酸中毒亚健康的奶牛能降低脂多糖含量、提高产奶量，本发酵饲料pH较高,在商业应用较为容易推广。