本发明公开了一种飞机测试的换热器防结冰系统及其运行方法，涉及飞机测试技术领域，换热器防结冰系统包括并排设置的两个载冷剂处理组件，载冷剂处理组件包括主管线和换热器，主管线中部上方设有上U型管，主管线中部一侧设有下U型管，两个载冷剂处理组件的主管线之间通过加固连管连通，加固连管上设置有用于防止主管线堵塞的防堵组件。运行方法包括以下步骤：S1、高温载冷剂充注；S2、高温载冷剂排空；S3、低温载冷剂充注；S4、低温载冷剂排空。本发明的换热器防结冰系统能够高效地将高温载冷剂和低温载冷剂进行快速切换，保证载冷剂在低温下不结冰、在高温下不气化，操作方便，安全可靠。