本发明涉及测量高次谐波成像方法、装置、电子设备及存储介质，其中测量高次谐波成像方法的装置包括光源、光开关模块、光学模块、成像模块、计算机控制分析模块。利用光开关模块将光源发射的激发光调制成周期性光脉冲，由光电探测器输出与该周期性光脉冲同相位的电信号至相位同步模块，使相位同步模块在同一时刻输出数字信号至计算机控制分析模块，计算机控制分析模块开始从成像模块采集图像，以获取到与荧光过程相关的图像信息，然后通过计算机控制分析模块对图像进行数字算法处理，计算机控制分析模块进行图像处理的周期与光开关模块调制的光脉冲周期相同，保证最终结果的准确，输出的图像也不会受到噪声影响，使得成像质量进一步提高。