本发明涉及一种基于多阈值图像分割的颅面标志点自动识别方法，属于医学图像处理技术领域。本发明包括如下步骤：S1颅面图像的预处理，S2图像直方图的获取，S3直方图阈值的确定，S4二值图像噪声的去除，S5面部软组织轮廓的提取，S6面部标志点的提取，S7图像的阈值的重新确定，S8颅面标志点的提取根据面部软组织标志点在颅面部骨轮廓线上提取面部骨骼标志点。本发明通过多级阈值下的阈值化图像分割和颅面标志点自动识别算法，自动识别标志点，来连线和测量角度，并分析上下颌骨矢量关系，生成矫治计划。本发明所述的识别方法能够快速自动识别颅面部标志点，准确度高，可以成倍提高工作效率，具有很好的应用前景。