模块式显微镜系统由组装在一起的基本模块组成。各基体模块具有精密限制面，配置在与基体模块成整体连接的箱体外轴环及箱体－内空间－分隔器上。各光学、机械、电气和／或电子元件在平面或三维托架上预调整和装配完毕。本发明模块式结构显微镜系统以便于维护的组件装配形式制造，从而避免了在总系统上进行昂贵的调校和平衡检验。通过对装配好的托架、模块简单的再配装，可以实现总系统的快速加装、改装和拆装。最后非连续的“高跷式”或“积木式”夹持方法的采用避免了有损于系统的热效应，同时节约了材料。