一种与倒置荧光显微镜结合的模块化扫描探针显微镜，它由五个模块组成：第一模块为倒置荧光显微镜；第二模块是三爪逼近装置；第三模块是扫描头；第四模块包括透明样品台和X、Y、Z三维扫描器；第五模块是激光显微扩展模块。本实用新型模块化结构，利用各部分模块又很容易搭建不同结构的扫描探针显微镜，大大降低了购买各项仪器的成本；三维扫描器的共用除了实现荧光倒置显微镜的原有功能外，结合所有模块还可实现显微镜物镜照射和收集的特殊扫描近场光学显微镜功能、确定区域和确定目标的观察、激光共焦显微镜检测以及其他一些以探针为主或以显微镜为主的操作和加工工作。