本发明涉及五水头孢唑林钠晶体结构及晶体分子组装制备方法。五水头孢唑林钠晶体结构是分子中含有5个水分子，正交晶系，空间群为C222(1)，其中钠离子与头孢唑林分子以配位键结合。五水头孢唑林钠晶体分子组装制备方法是：在带夹套的反应器内盛有溶剂，加入头孢唑林酸和钠盐，并加热至反应溶液澄清，连续搅拌，调节pH值，待反应完全后，将液体转移至带夹套的结晶器中，加晶种或自发出晶，控制降温，缓慢加入溶析剂。本发明所得到的五水头孢唑林钠粒度可调且粒度分布集中，产品流动性好，表面光洁，结晶度高，稳定性好，溶解速度快。