本发明属生化分析技术领域，是一种基于基质辅助激光解吸电离源(MALDI)质谱靶板的蛋白质快速酶解方法。现有的传统蛋白酶解存在耗时长和需要大量蛋白变性剂等缺点，不适合用于复杂生物样品中蛋白的大规模分离后所要求的高效酶解及质谱测定。本发明是在MALDI(基质辅助激光解吸电离源)靶板上加入蛋白和蛋白酶并在适当的pH和温度下进行快速有效酶解，随后进行质谱鉴定。本发明可实现复杂生物样品中蛋白分离、酶解及质谱鉴定等操作步骤的连续自动化。该酶解方法具有操作简单、灵敏度高、无需蛋白变性剂及低耗等优点，十分适合应用于复杂生物样品中蛋白的快速分离鉴定，在蛋白质组学研究等领域有良好的实用价值和应用前景。