本发明公开了一种水分散性的辣椒红色素微囊及其制备方法，属于微囊包合技术。所述的辣椒红色素微囊的壁材为水溶性的高分子材料，芯材是辣椒红色素，粒径分布为30－100um。所述微囊的制备方法采用喷雾干燥法，制备过程包括壁材芯材溶液的制备，乳化匀质和喷雾匀质，其特征在于乳化匀质参数和喷雾干燥参数的确定。本发明的优点在于：将油状的辣椒红色素经过微囊化，固化成固体粉状，使之能够在水中稳定分散，并且提高了色素贮藏的稳定性，工艺过程简便，便于工业化生产，产品便于运输使用。本发明的产品可以用于食品饮料、医药包衣材料、化妆品着色等。