本发明涉及一种以油溶性天然辣椒红色素树脂为原料，经物理和化学方法制备水溶性辣椒红色素的方法，包括水解反应、过滤、萃取分离、蒸发和喷雾干燥等过程，先以安全溶剂食品级乙醇为溶媒，与氢氧化钾溶液在反应釜中进行水解反应，控温连续搅拌后，经薄板层析色谱检测，使水解率达到95％以上；再进行过滤分离，其滤饼用食用级乙醇反复萃取数次，合并滤液，再进行减压蒸发浓缩并回收乙醇，制备出水溶性天然辣椒红色素液剂；然后再将水溶性辣椒红色素液剂与赋型材料的溶液混合，均质，控温喷雾干燥，制得水溶性辣椒红色素粉剂。本方法原理简单可靠，产品出率高，品质好，可应用于医药、食品和化妆品中作为添加剂。