本发明是一种制备多不饱和脂肪酸植物甾醇酯的方法。目前存在的工艺大多使用到有毒有害的有机溶剂，或者操作条件苛刻，不易工业化生产。本发明包括以下步骤：a)将植物油中的甘油三酯在甲醇及催化剂中进行醇解反应，得脂肪酸甲酯；b)在高真空环境中，所述的脂肪酸甲酯与植物甾醇在催化剂作用下进行酯交换反应，再将未反应的甲醇和多余的脂肪酸甲酯除去，得粗多不饱和脂肪酸植物甾醇酯；c)所述的粗多不饱和脂肪酸植物甾醇酯经脱色、脱臭处理得淡黄色至白色的稠状流体，即精制的多不饱和脂肪酸植物甾醇酯。本发明没有使用有毒有害的有机溶剂，适合用于食品工业生产；工艺简单，对反应条件的要求较低，能实现工业化规模生产。