本发明披露了一种在壳管式反应器中通过固定床催化部分氧化由不饱和醛制备不饱和脂肪酸的方法，其特征在于，所述反应器包括用于制备不饱和脂肪酸的反应区，该反应区在反应管内产生热部位的位置处插入有非活性材料层。本发明还披露了一种用于上述方法的固定床壳管式反应器。根据本发明，将至少一层非活性材料填充在热部位的位置处，以有效地控制热部位的温度，从而延长催化剂的使用期限，并以高产率制备不饱和脂肪酸。