本发明涉及一种扫描仪校准方法。步骤包括制作基准印鉴、扫描仪校准卡、获得一个基准图像文件和使用该基准图像文件的校准法、比较匹配率的校准方法。其中使用基准图像校准时，将实际扫描图像与理想图像相比较，获得校准值；比较匹配率校准时，先对实际扫描图像进行自身的匹配，获得在两轴方向具有相同缩放率的图像后，再与基准图像文件进行匹配，产生校准值。本发明的方法能有效降低扫描仪的成像线性误差、快速准确、通用于各类扫描仪。