一种黄酮苷元微胶囊的制备方法，属于微胶囊制备技术领域。本发明以大豆异黄酮苷元或银杏黄酮苷元为芯材，以明胶、乳清蛋白或大豆分离蛋白分别和麦芽糊精等混配作为壁材，加或不加单甘酯乳化剂，芯材、壁材分别以乙醇、水作为溶剂溶解，溶解后将上述芯材、壁材和乳化剂混合均匀，并使用高速分散器进行分散，在一定的均质压力下进行均质，然后在喷雾干燥塔中进行喷雾干燥，得到黄酮苷元微胶囊。制得的产品中黄酮苷元包埋率超过85％，得率超过90％。本发明方法具有能以工业规模生产，操作简单，成本较低，产品理化性能稳定等优点。