本发明提供了一种以具有共同结构特性的一类蛋白质的融合蛋白文库为基础的用于多种蛋白质相互作用分析研究的蛋白质芯片、该芯片的制备方法及其检测技术。该芯片是首先制备具有共同结构特性的一类蛋白质的融合蛋白文库，按照预先设计的顺序将取自该文库的融合蛋白点印到芯片的基片上，使融合蛋白通过物理吸附作用固定在芯片基片上。待检测的蛋白质或蛋白质片段也制成具有免疫学标签的融合蛋白，将待测蛋白质与蛋白质芯片进行杂交，检测杂交结果，即在一张芯片表面即可筛选检测出文库中能与待测蛋白相互作用的蛋白质或蛋白质片段。该芯片在检测时使用抗免疫学标签的单一抗体，运用通用的试剂，即可对多种能够发生相互作用的蛋白质进行研究，达到高通量、简便快速的要求。