基于蛋白质表面低熵水合层识别的蛋白质‑蛋白质对接方法及装置，涉及蛋白质‑蛋白质对接结构的预测方法及装置。为了解决目前的蛋白质结构预测方法存在蛋白质对接位点预测不准确的问题。本发明将蛋白质表面疏水基团和含少量氧原子、氮原子的疏水基团以及蛋白质表面形成分子内氢键的某些亲水基团识别为低熵区域。在计算机程序里根据蛋白质表面低熵水合层理论改变蛋白质某些氮、氧亲水原子为疏水碳原子，然后将蛋白质表面切割为多个平面，在每个平面内选出处于疏水连通区域的原子，分别计算每个疏水连通区域表面原子的面积和形状，选出疏水连通面积最大的平面，将该连通区域作为可能的对接位置，对蛋白质‑蛋白质对接位点进行预测。