一种处理傅里叶变换质谱(FTMS)数据的方法包括，对时域瞬变的一部分执行傅里叶变换，并标识来自经变换的数据信号中表示离子的存在的峰值。一旦标识了峰值，然后变换全部瞬变，且在部分瞬变变换中标识的峰值被用于定位经变换的全部瞬变中的真正峰值。找出由随机噪声引起的“假”峰值的数目以与分辨率相关，使得使用部分瞬变来标识真正峰值减少了包括假峰值的风险；然而当全数据集被变换时，该信息可应用于全数据集。作为替换，全数据集的替换、不同部分可被变换并使之相关；因为任何噪声是随机的，因此假峰值应出现在两个部分变换的不同位置处。