核糖开关和修饰形式的核糖开关可被用作受特异性效应化合物控制的设计基因开关。这类可激活核糖开关的效应化合物在本文中被称为触发分子。天然开关是抗生素和其它小分子治疗剂的靶标。此外，核糖开关的建造使得天然开关的实际片段可被用于构建新的非免疫原性基因控制元件，例如适体(分子识别)结构域可与其它的非适体(或修饰的)结构域相交换，这样新的识别结构域可导致由使用者定义的效应物化合物引起的基因调节。这种改变的开关可成为治疗方案的一部分——可以打开或关闭，或调节蛋白质的合成。新构建的基因调节网络可以应用于一些领域，例如活体生物传感器、生物的代谢工程以及基因疗法的高级形式。可使用化合物来刺激、激活、抑制和/或失活核糖开关。可以利用核糖开关的原子结构来设计可刺激、激活、抑制和/或失活核糖开关的新化合物。