本发明公开了一种基于三层架构的智能图像隐写分析系统，包括综合数据库、图像库、综合数据库管理模块、图像库管理模块、特征矢量预提取模块、隐写分析总控模块和攻击模块，以及用于针对隐写算法已公布且有对应的专用隐写分析算法的专用隐写分析模块、针对隐写算法已公布尚无对应的专用隐写分析算法的分类训练的通用隐写分析模块和针对隐写算法未公布的广义通用隐写分析模块。本发明采用三层架构，针对隐写算法所属类型构建专门的隐写分析子系统，具有准确性和适用性；利用专家系统将现有的专用隐写分析方法建成模型库和规则库，并通过人机交互不断更新隐写分析规则库，具有智能性；采用主元素特征提取与样本图像库分类训练相结合，提高计算效率和准确性。