本发明提出了一种网络信息系统容忍入侵的方法，属于信息安全领域。本发明通过模拟人体免疫细胞对病原体的识别和分类作用，对网络信息系统的各个层面进行实时有效地监控，包括网络系统、文件系统、进程系统及应用服务等层面，能及时发现入侵者在系统各个层面的非法活动。同时独特的容侵技术可确保系统在遭受攻击、甚至部分服务器被攻破、破坏的情况下，仍能为用户提供正确、可靠、完整的服务，并能自主修复被破坏的服务或内容。换句话说，本发明能够保证系统在遭受网络入侵时具备继续、正确、可靠工作的能力，即提供网络信息系统“带病坚持工作”以及“自我恢复”的能力，提高了网络信息系统在复杂网络环境中的生存能力，具有广阔的应用前景。