本发明涉及一种功能化的磁性分离棒及其制造方法。首先在短棒状稀土永磁铁表面涂敷一层高分子材料，从而得到磁棒性。然后让磁棒与功能化的磁性聚合物微球通过磁吸引作用结合在一起，从而获得了功能化的磁性分离棒。通过使用不同强度的稀土磁铁，可以得到吸附强度不同的功能化的磁性分离棒；通过使用不同功能化的磁性聚合物微球，可以获得功能各异的功能化的磁性分离棒。本发明方法简单，原料易得，所制得的功能化的磁性分离棒的磁响应性能可控，同时由于其功能化过程易于调节因此该分离棒可以适应各种分离及检测场合的使用。