本发明公开了利用酶降解－溶剂萃取法制备叶黄素脂肪酸酯的方法：先将万寿菊花添加酶进行青贮，然后直接以万寿菊鲜花为原料，采用非极性溶剂于加热搅拌条件下提取叶黄素脂肪酸酯，真空浓缩后得叶黄素脂肪酸酯。不同于传统的利用万寿菊花生产叶黄素脂肪酸酯的方法，该方法将青贮过程中酶降解和溶剂萃取两部单元操作技术结合，省去压榨、干燥、造粒、粉碎工序，工艺操作简单、条件温和、叶黄素脂肪酸酯提取率高。由于无干燥工序，叶黄素在整个加工过程中几乎无损失，无氧化现象发生。由本发明所述方法生产的产品可广泛用作饲料增色添加剂、食品着色剂等。