本发明属于大豆深加工技术领域，确切的说是利用乳酸菌发酵法制备大豆低聚糖的工艺。提供了一种通过乳酸菌发酵大豆低聚糖中的蔗糖，来提高大豆低聚糖中功能性成分(水苏糖、棉子糖)的相对含量的工艺。由于本发明在提取过程中使用了乳酸菌，将大豆低聚糖中的蔗糖以碳源的形式消耗掉，但不利用其中的棉子糖和水苏糖，因而大豆低聚糖产品纯度比现有生产方法得到提高，且降低了生产成本。以大豆乳清废液为原料提取大豆低聚糖，有利于大豆的深加工与综合利用，且解决了环保问题。本发明的生产周期短，且利用的是有益菌发酵使蔗糖被消耗掉，从而提高了大豆低聚糖中功能性低聚糖的含量，进一步提高了大豆低聚糖的生理活性。