本发明的燃料电池系统，具备：采用氧化剂气体和燃料气体进行发电的燃料电池(1)、贮存从所述燃料电池排出的废气回收的水的回收水箱(3)、贮存用于冷却所述燃料电池的冷却用水的贮水水箱(4)、将所述回收水箱的水提供给所述贮水水箱用的水供给流路(g)、在所述水供给流路从所述回收水箱向所述贮水水箱通水用的泵(8)、对借助于所述泵流通的水在所述水供给流路上在提供给所述贮水水箱之前借助于内装的TOC吸附体(7a)进行净化的水净化装置(7)、以及控制装置(101)，所述控制装置进行如下所述的控制，即在所述燃料电池系统停止工作期间使所述泵工作，在所述水供给流路使水流动。